Samenwerkingsverband Unita heeft gekozen voor nauwe betrokkenheid van de 27 in Unita deelnemende schoolbesturen bij de beleidsbepaling. Hier past een verenigingsvorm bij.
Voor de beleidsvoorbereiding en –uitvoering heeft de Algemene Leden Vergadering (ALV) een directeur-bestuurder. Besluitvorming door de ALV vindt plaats met inachtneming van de regels van medezeggenschap. Toezicht wordt gehouden door een Commissie van Toezicht bestaande uit zes leden:
